真空冷凍干燥機在生物領域中得到廣泛應用，這是因為它可以更大程度上防止生物制品、藥品在水和熱作用下容易發生性變和分解，對生物組織和細胞體損傷比較少，可以減少活菌體及病毒死亡。低溫干燥，物質中揮發性成分損失比較小，微生物生長和酶的作用是沒辦法進行的，可以保持原來的性狀。由于干燥在真空下進行，氧氣是非常少的，所以易氧化的物質得到保護。干燥可以排除95%~99%以上的水分，使干燥之后的產品能夠長期保存而不致發生變質。比如，人的血漿在液體狀態只能保存幾個月，而凍干之后則可保存5~10年。例如：麻疹弱毒活疫苗在液態的有效期為3個月，凍干后則可以延長1年。
真空冷凍干燥機相比與常規凍干技術而言，其優越性可以很好地凸顯出來：
1、許多熱敏性的物質不會發生變性或者失活。
2、在低溫下干燥的時候，物質中的一些揮發性成分丟失較小。
3、干燥可以清掃95%-99%以上的水分，干燥后產品可以長時間保存而不發生蛻變。
4、在凍干過程中，微生物成長和酶的作用沒辦法進行，所以可以保持原本的性狀。
5、由于在凍干狀態下可以進行干燥，因而體積幾乎不變，堅持了正本的結構，不會發生濃縮現象。
6、由于物質中水分在預凍之后是以冰晶形狀存在的，原本溶于水的無機鹽類溶解物質被均勻地分配在物料中。溶于水中的溶解物質就分出，避免了一般干燥方法中因物料內部水分蒸發所攜帶的無機鹽在表面分出而構成表面硬化的現象。
7、干燥后的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水后溶解迅速徹底，幾乎當即恢復原本的性狀。
8、由于真空冷凍干燥機的干燥在真空下進行，氧氣很少，所以一些易氧化物質得到了保護。
由此看來，真空冷凍干燥機相比與常規凍干技術而言優勢明顯。
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